data_DI # _chem_comp.id DI _chem_comp.name "2'-DEOXYINOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" _chem_comp.type "DNA LINKING" _chem_comp.pdbx_type ATOMN _chem_comp.formula "C10 H13 N4 O7 P" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2001-06-01 _chem_comp.pdbx_modified_date 2026-09-15 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces OIP _chem_comp.formula_weight 332.207 _chem_comp.one_letter_code I _chem_comp.three_letter_code DI _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1MRF _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB _chem_comp.pdbx_pcm ? _chem_comp.pdbx_comp_type ? # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal DI OP3 O1 O 0 1 N N N N N N -15.361 15.452 51.245 5.176 -1.827 -1.428 OP3 DI 1 DI P P1 P 0 1 N N N N N N -16.409 15.975 52.146 4.754 -0.926 -0.162 P DI 2 DI OP1 O2 O 0 1 N N N N N N -16.679 17.417 52.004 4.545 -1.797 1.016 OP1 DI 3 DI OP2 O3 O 0 1 N N N N N N -16.352 15.542 53.552 5.924 0.134 0.156 OP2 DI 4 DI "O5'" O4 O 0 1 N N N N N N -17.750 15.248 51.645 3.391 -0.137 -0.495 "O5'" DI 5 DI "C5'" C1 C 0 1 N N N N N N -19.065 15.763 51.944 2.702 0.667 0.466 "C5'" DI 6 DI "C4'" C2 C 0 1 N N R N N N -19.793 15.900 50.615 1.452 1.270 -0.177 "C4'" DI 7 DI "O4'" O5 O 0 1 N N N N N N -19.631 17.094 49.850 0.477 0.242 -0.455 "O4'" DI 8 DI "C3'" C3 C 0 1 N N S N N N -19.851 14.766 49.608 0.722 2.204 0.822 "C3'" DI 9 DI "O3'" O6 O 0 1 N N N N N N -21.122 14.127 49.480 1.264 3.525 0.773 "O3'" DI 10 DI "C2'" C4 C 0 1 N N N N N N -19.128 15.236 48.365 -0.730 2.182 0.284 "C2'" DI 11 DI "C1'" C5 C 0 1 N N R N N N -18.906 16.685 48.701 -0.800 0.892 -0.562 "C1'" DI 12 DI N9 N1 N 0 1 Y N N N N N -17.632 17.352 48.459 -1.852 0.013 -0.045 N9 DI 13 DI C8 C6 C 0 1 Y N N N N N -16.432 16.806 48.653 -1.684 -1.011 0.839 C8 DI 14 DI N7 N2 N 0 1 Y N N N N N -15.502 17.522 48.021 -2.831 -1.578 1.079 N7 DI 15 DI C5 C7 C 0 1 Y N N N N N -16.126 18.535 47.434 -3.797 -0.953 0.367 C5 DI 16 DI C6 C8 C 0 1 N N N N N N -15.563 19.836 46.887 -5.198 -1.127 0.235 C6 DI 17 DI O6 O7 O 0 1 N N N N N N -14.386 20.194 46.817 -5.780 -2.008 0.844 O6 DI 18 DI N1 N3 N 0 1 N N N N N N -16.593 20.697 46.543 -5.870 -0.288 -0.585 N1 DI 19 DI C2 C9 C 0 1 N N N N N N -17.942 20.466 46.690 -5.212 0.689 -1.257 C2 DI 20 DI N3 N4 N 0 1 N N N N N N -18.363 19.371 47.307 -3.924 0.862 -1.146 N3 DI 21 DI C4 C10 C 0 1 Y N N N N N -17.485 18.433 47.705 -3.183 0.074 -0.355 C4 DI 22 DI HOP2 H2 H 0 0 N N N N N N -16.503 16.288 54.120 6.115 0.739 -0.574 HOP2 DI 23 DI "H5'" H3 H 0 1 N N N N N N -18.985 16.744 52.436 2.412 0.049 1.316 "H5'" DI 24 DI "H5''" H4 H 0 0 N N N N N N -19.605 15.066 52.602 3.358 1.468 0.806 "H5''" DI 25 DI "H4'" H5 H 0 1 N N N N N N -20.842 15.965 50.940 1.712 1.809 -1.087 "H4'" DI 26 DI "H3'" H6 H 0 1 N N N N N N -19.187 13.998 50.031 0.768 1.803 1.834 "H3'" DI 27 DI "HO3'" H7 H 0 0 N N N N N N -21.447 13.891 50.341 0.840 4.147 1.380 "HO3'" DI 28 DI "H2'" H8 H 0 1 N N N N N N -19.751 15.119 47.466 -1.442 2.136 1.109 "H2'" DI 29 DI "H2''" H9 H 0 0 N N N N N N -18.176 14.703 48.224 -0.920 3.057 -0.337 "H2''" DI 30 DI "H1'" H10 H 0 1 N N N N N N -19.515 17.151 47.912 -1.003 1.142 -1.603 "H1'" DI 31 DI H8 H11 H 0 1 N N N N N N -16.241 15.917 49.235 -0.741 -1.308 1.273 H8 DI 32 DI H1 H12 H 0 1 N N N N N N -16.329 21.577 46.147 -6.829 -0.386 -0.693 H1 DI 33 DI H2 H13 H 0 1 N N N N N N -18.657 21.177 46.303 -5.773 1.346 -1.906 H2 DI 34 DI HOP3 HOP3 H 0 0 N N N N N N -15.025 16.158 50.706 5.990 -2.332 -1.298 HOP3 DI 35 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal DI OP3 P SING N N 1 DI OP3 HOP3 SING N N 2 DI P OP1 DOUB N N 3 DI P OP2 SING N N 4 DI P "O5'" SING N N 5 DI OP2 HOP2 SING N N 6 DI "O5'" "C5'" SING N N 7 DI "C5'" "C4'" SING N N 8 DI "C5'" "H5'" SING N N 9 DI "C5'" "H5''" SING N N 10 DI "C4'" "O4'" SING N N 11 DI "C4'" "C3'" SING N N 12 DI "C4'" "H4'" SING N N 13 DI "O4'" "C1'" SING N N 14 DI "C3'" "O3'" SING N N 15 DI "C3'" "C2'" SING N N 16 DI "C3'" "H3'" SING N N 17 DI "O3'" "HO3'" SING N N 18 DI "C2'" "C1'" SING N N 19 DI "C2'" "H2'" SING N N 20 DI "C2'" "H2''" SING N N 21 DI "C1'" N9 SING N N 22 DI "C1'" "H1'" SING N N 23 DI N9 C8 SING Y N 24 DI N9 C4 SING Y N 25 DI C8 N7 DOUB Y N 26 DI C8 H8 SING N N 27 DI N7 C5 SING Y N 28 DI C5 C6 SING N N 29 DI C5 C4 DOUB Y N 30 DI C6 O6 DOUB N N 31 DI C6 N1 SING N N 32 DI N1 C2 SING N N 33 DI N1 H1 SING N N 34 DI C2 N3 DOUB N N 35 DI C2 H2 SING N N 36 DI N3 C4 SING N N 37 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor DI SMILES ACDLabs 14.52 "O=P(O)(O)OCC1OC(CC1O)n1cnc2c1N=CNC2=O" DI InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C10H13N4O7P/c15-5-1-7(21-6(5)2-20-22(17,18)19)14-4-13-8-9(14)11-3-12-10(8)16/h3-7,15H,1-2H2,(H,11,12,16)(H2,17,18,19)/t5-,6+,7+/m0/s1" DI InChIKey InChI 1.06 PHNGFPPXDJJADG-RRKCRQDMSA-N DI SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "O[C@H]1C[C@@H](O[C@@H]1CO[P](O)(O)=O)n2cnc3C(=O)NC=Nc23" DI SMILES CACTVS 3.385 "O[CH]1C[CH](O[CH]1CO[P](O)(O)=O)n2cnc3C(=O)NC=Nc23" DI SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 3.1.0.0 "c1nc2c(n1[C@H]3C[C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)O)O)N=CNC2=O" DI SMILES "OpenEye OEToolkits" 3.1.0.0 "c1nc2c(n1C3CC(C(O3)COP(=O)(O)O)O)N=CNC2=O" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier DI "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 14.52 ;2'-deoxy-5'-inosinic acid ; DI "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 3.1.0.0 "[(2~{R},3~{S},5~{R})-3-oxidanyl-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site DI "Create component" 2001-06-01 RCSB DI "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB DI "Modify coordinates" 2026-09-15 RCSB #