PDB ID: 5JTE
Hetero Atom Contents
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Data format:
Color scheme of protein:
Code | Name | Style | Show | Link | |
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ERY | Erythromycin a | PoSSuM | |||
LYS | Lysine | PoSSuM |
Code | Name | Show |
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2MA | 2-methyladenosine-5'-monophosphate | |
3AU | 3-[(3s)-3-amino-3-carboxypropyl]uridine 5'-(dihydrogen phosphate) | |
4SU | 4-thiouridine-5'-monophosphate | |
5MU | 5-methyluridine 5'-monophosphate | |
6MZ | N6-methyladenosine-5'-monophosphate | |
7MG | 7n-methyl-8-hydroguanosine-5'-monophosphate | |
CM0 | 5-(carboxymethoxy) uridine-5'-monophosphate | |
PSU | Pseudouridine-5'-monophosphate | |
QUO | 2-amino-7-deaza-(2'',3''-dihydroxy-cyclopentylamino)-guanosine-5'-monophosphate | |
T6A | N-[N-(9-B-D-ribofuranosylpurin-6-yl)carbamoyl]threonine-5'-monophosphate | |
U8U | 5-methylaminomethyl-2-thiouridine-5'-monophosphate |
Code | Name | Emphasize |
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Code | Name | Show |
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Download interaction data: 5JTE
Structure summary
Code : | 5JTE PDBj RCSB PDB PDBe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Header : | RIBOSOME | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Title : | Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with A-, P-, and E-tRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Release Data : | 2016-07-20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Compound : |
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Source : |
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Authors : | Arenz, S., Bock, L.V., Graf, M., Innis, C.A., Beckmann, R., Grubmueller, H., Vaiana, A.C., Wilson, D.N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords : | Ribosome, ErmBL, Stalling, Translation, Erythromycin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Exp. method : | ELECTRON MICROSCOPY ( 3.6 Å ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation : |
A combined cryo-EM and molecular dynamics approach reveals the mechanism of ErmBL-mediated translation arrest.
Arenz, S.,Bock, L.V.,Graf, M.
et al.
PubMed: 27380950 |
Reaction
Chain : | AB |
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UniProt : | P0A7V2 (RS2_ECO57) |
Reaction : | - |
Chain : | AC |
---|---|
UniProt : | P0A7V3 (RS3_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AD |
---|---|
UniProt : | P0A7V8 (RS4_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AE |
---|---|
UniProt : | P0A7W1 (RS5_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AF |
---|---|
UniProt : | P02358 (RS6_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AG |
---|---|
UniProt : | P02359 (RS7_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AH |
---|---|
UniProt : | P0A7W7 (RS8_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AI |
---|---|
UniProt : | P0A7X3 (RS9_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AJ |
---|---|
UniProt : | P0A7R5 (RS10_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AK |
---|---|
UniProt : | P0A7R9 (RS11_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AL |
---|---|
UniProt : | P0A7S3 (RS12_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AM |
---|---|
UniProt : | P0A7S9 (RS13_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AN |
---|---|
UniProt : | P0AG59 (RS14_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AO |
---|---|
UniProt : | P0ADZ4 (RS15_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AP |
---|---|
UniProt : | P0A7T3 (RS16_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AQ |
---|---|
UniProt : | P0AG63 (RS17_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AR |
---|---|
UniProt : | P0A7T7 (RS18_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AS |
---|---|
UniProt : | P0A7U3 (RS19_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AT |
---|---|
UniProt : | P0A7U7 (RS20_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | AU |
---|---|
UniProt : | P68679 (RS21_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BC |
---|---|
UniProt : | P60422 (RL2_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BD |
---|---|
UniProt : | P60438 (RL3_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BE |
---|---|
UniProt : | P60723 (RL4_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BF |
---|---|
UniProt : | P62399 (RL5_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BG |
---|---|
UniProt : | P0AG55 (RL6_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BH |
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UniProt : | P0A7R1 (RL9_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BI |
---|---|
UniProt : | P0A7J7 (RL11_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BJ |
---|---|
UniProt : | P0AA10 (RL13_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BK |
---|---|
UniProt : | P0ADY3 (RL14_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BL |
---|---|
UniProt : | P02413 (RL15_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BM |
---|---|
UniProt : | P0ADY7 (RL16_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BN |
---|---|
UniProt : | P0AG44 (RL17_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BO |
---|---|
UniProt : | P0C018 (RL18_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BP |
---|---|
UniProt : | P0A7K6 (RL19_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BQ |
---|---|
UniProt : | P0A7L3 (RL20_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BR |
---|---|
UniProt : | P0AG48 (RL21_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BS |
---|---|
UniProt : | P61175 (RL22_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BT |
---|---|
UniProt : | P0ADZ0 (RL23_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BU |
---|---|
UniProt : | P60624 (RL24_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BV |
---|---|
UniProt : | P68919 (RL25_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BW |
---|---|
UniProt : | P0A7L8 (RL27_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BX |
---|---|
UniProt : | P0A7M2 (RL28_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BY |
---|---|
UniProt : | P0A7M6 (RL29_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | BZ |
---|---|
UniProt : | P0AG51 (RL30_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | B0 |
---|---|
UniProt : | P0A7N4 (RL32_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | B1 |
---|---|
UniProt : | P0A7N9 (RL33_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | B2 |
---|---|
UniProt : | P0A7P5 (RL34_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | B3 |
---|---|
UniProt : | P0A7Q1 (RL35_ECOLI) |
Reaction : | - |
Chain : | B4 |
---|---|
UniProt : | P0A7Q6 (RL36_ECOLI) |
Reaction : | - |