data_WYD # _chem_comp.id WYD _chem_comp.name ;~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-4-[[1-[[3-(3-azanylprop-1-ynyl)phenyl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-2-propoxy-oxan-3-yl]ethanamide ; _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C30 H43 N5 O11" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2017-01-20 _chem_comp.pdbx_modified_date 2018-02-23 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 649.689 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code WYD _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 5MWX _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site EBI # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal WYD C4 C1 C 0 1 N N S -1.704 31.064 17.708 4.008 -0.236 0.018 C4 WYD 1 WYD C5 C2 C 0 1 N N R -2.985 31.405 18.453 4.748 -1.530 -0.331 C5 WYD 2 WYD C6 C3 C 0 1 N N N -3.137 30.456 19.647 4.019 -2.242 -1.473 C6 WYD 3 WYD C7 C4 C 0 1 N N N -0.267 35.395 16.304 8.043 2.163 1.418 C7 WYD 4 WYD C8 C5 C 0 1 N N N 0.367 35.283 17.701 8.830 2.819 2.523 C8 WYD 5 WYD N2 N1 N 0 1 N N N -1.160 34.424 16.083 6.973 1.398 1.716 N2 WYD 6 WYD C3 C6 C 0 1 N N R -1.453 32.052 16.574 4.776 0.500 1.120 C3 WYD 7 WYD C1 C7 C 0 1 N N R -2.675 33.743 17.988 6.863 -0.572 0.269 C1 WYD 8 WYD C2 C8 C 0 1 N N R -1.385 33.451 17.164 6.208 0.760 0.642 C2 WYD 9 WYD CAF C9 C 0 1 Y N N -2.341 21.367 10.537 -10.547 -1.148 0.014 CAF WYD 10 WYD CAH C10 C 0 1 N N S -0.772 26.257 17.678 -0.822 0.100 -0.678 CAH WYD 11 WYD CAI C11 C 0 1 N N N -2.850 37.443 18.485 10.310 -1.146 -1.032 CAI WYD 12 WYD CAJ C12 C 0 1 N N N -0.773 23.850 17.708 -2.595 -1.513 -0.745 CAJ WYD 13 WYD CAK C13 C 0 1 N N S -1.136 28.720 17.783 1.648 -0.018 -0.341 CAK WYD 14 WYD CAN C14 C 0 1 N N N -4.872 18.467 7.535 -10.899 3.506 -1.569 CAN WYD 15 WYD CAO C15 C 0 1 Y N N -2.586 20.638 13.209 -8.101 -1.315 1.310 CAO WYD 16 WYD CAP C16 C 0 1 Y N N -1.782 21.745 12.840 -8.924 -2.424 1.226 CAP WYD 17 WYD CAQ C17 C 0 1 N N R -1.569 27.380 17.097 0.294 -0.520 0.168 CAQ WYD 18 WYD CAR C18 C 0 1 N N N 2.548 28.254 18.354 0.828 3.564 -0.977 CAR WYD 19 WYD CAS C19 C 0 1 Y N N -0.983 22.613 16.784 -3.931 -1.846 -0.134 CAS WYD 20 WYD CAU C20 C 0 1 N N N -2.014 38.663 17.955 11.105 -2.419 -1.327 CAU WYD 21 WYD CAV C21 C 0 1 N N N -2.851 36.114 17.698 8.923 -1.521 -0.506 CAV WYD 22 WYD CAX C22 C 0 1 N N R 1.034 27.934 18.277 0.685 2.045 -1.094 CAX WYD 23 WYD CAY C23 C 0 1 N N S 0.709 26.597 17.484 -0.708 1.626 -0.615 CAY WYD 24 WYD CAZ C24 C 0 1 N N N -3.787 19.591 9.760 -10.136 1.214 -0.489 CAZ WYD 25 WYD CBA C25 C 0 1 Y N N -1.644 22.095 11.494 -10.144 -2.340 0.580 CBA WYD 26 WYD CBB C26 C 0 1 Y N N -3.265 19.899 12.225 -8.493 -0.117 0.749 CBB WYD 27 WYD CBD C27 C 0 1 Y N N -2.116 22.265 16.162 -4.586 -1.139 0.816 CBD WYD 28 WYD CBE C28 C 0 1 N N N -2.726 20.264 14.576 -6.773 -1.416 2.016 CBE WYD 29 WYD CBG C29 C 0 1 N N N -4.310 19.070 8.697 -10.474 2.231 -0.968 CBG WYD 30 WYD CBI C30 C 0 1 Y N N -3.133 20.281 10.888 -9.722 -0.026 0.095 CBI WYD 31 WYD NAA N2 N 0 1 N N N -4.011 17.348 7.063 -12.156 3.945 -0.947 NAA WYD 32 WYD NAB N3 N 0 1 Y N N -0.574 20.781 15.690 -5.767 -2.846 0.297 NAB WYD 33 WYD NAC N4 N 0 1 Y N N -1.851 21.128 15.472 -5.738 -1.807 1.057 NAC WYD 34 WYD NAE N5 N 0 1 Y N N -0.037 21.723 16.502 -4.707 -2.895 -0.430 NAE WYD 35 WYD O1 O1 O 0 1 N N N -2.552 35.044 18.621 8.180 -0.332 -0.231 O1 WYD 36 WYD O3 O2 O 0 1 N N N -0.174 31.758 15.984 4.132 1.745 1.401 O3 WYD 37 WYD O4 O3 O 0 1 N N N -1.831 29.756 17.124 2.691 -0.549 0.479 O4 WYD 38 WYD O5 O4 O 0 1 N N N -2.868 32.719 19.006 6.082 -1.219 -0.738 O5 WYD 39 WYD O6 O5 O 0 1 N N N -4.451 30.590 20.180 4.640 -3.505 -1.720 O6 WYD 40 WYD O7 O6 O 0 1 N N N 0.039 36.268 15.490 8.371 2.323 0.262 O7 WYD 41 WYD OBK O7 O 0 1 N N N -2.981 27.107 17.258 0.241 -1.944 0.059 OBK WYD 42 WYD OBL O8 O 0 1 N N N 2.832 29.533 19.007 2.082 3.968 -1.531 OBL WYD 43 WYD OBP O9 O 0 1 N N N -1.139 25.032 16.982 -2.093 -0.307 -0.165 OBP WYD 44 WYD OBQ O10 O 0 1 N N N 1.066 26.695 16.046 -0.902 2.065 0.731 OBQ WYD 45 WYD OBR O11 O 0 1 N N N 0.291 28.971 17.644 1.676 1.410 -0.285 OBR WYD 46 WYD H1 H1 H 0 1 N N N -0.857 31.092 18.409 3.943 0.397 -0.867 H1 WYD 47 WYD H2 H2 H 0 1 N N N -3.854 31.319 17.784 4.776 -2.180 0.543 H2 WYD 48 WYD H3 H3 H 0 1 N N N -2.977 29.419 19.317 2.976 -2.398 -1.198 H3 WYD 49 WYD H4 H4 H 0 1 N N N -2.397 30.713 20.419 4.070 -1.630 -2.374 H4 WYD 50 WYD H5 H5 H 0 1 N N N 1.107 36.086 17.834 9.231 2.054 3.188 H5 WYD 51 WYD H6 H6 H 0 1 N N N -0.416 35.376 18.468 9.652 3.392 2.092 H6 WYD 52 WYD H7 H7 H 0 1 N N N 0.863 34.306 17.801 8.179 3.486 3.087 H7 WYD 53 WYD H8 H8 H 0 1 N N N -1.656 34.362 15.217 6.711 1.270 2.641 H8 WYD 54 WYD H9 H9 H 0 1 N N N -2.262 31.991 15.831 4.798 -0.112 2.021 H9 WYD 55 WYD H10 H10 H 0 1 N N N -3.532 33.745 17.299 6.919 -1.209 1.151 H10 WYD 56 WYD H11 H11 H 0 1 N N N -0.531 33.489 17.857 6.188 1.415 -0.229 H11 WYD 57 WYD H12 H12 H 0 1 N N N -2.265 21.652 9.498 -11.498 -1.085 -0.494 H12 WYD 58 WYD H13 H13 H 0 1 N N N -0.986 26.165 18.753 -0.724 -0.231 -1.712 H13 WYD 59 WYD H14 H14 H 0 1 N N N -3.896 37.777 18.548 10.835 -0.554 -0.283 H14 WYD 60 WYD H15 H15 H 0 1 N N N -2.477 37.215 19.494 10.205 -0.563 -1.947 H15 WYD 61 WYD H16 H16 H 0 1 N N N -1.405 23.755 18.604 -1.895 -2.326 -0.555 H16 WYD 62 WYD H17 H17 H 0 1 N N N 0.283 23.912 18.009 -2.710 -1.378 -1.821 H17 WYD 63 WYD H18 H18 H 0 1 N N N -1.412 28.677 18.847 1.793 -0.345 -1.371 H18 WYD 64 WYD H19 H19 H 0 1 N N N -4.954 19.222 6.739 -10.129 4.259 -1.405 H19 WYD 65 WYD H20 H20 H 0 1 N N N -5.872 18.078 7.776 -11.052 3.370 -2.640 H20 WYD 66 WYD H21 H21 H 0 1 N N N -1.275 22.320 13.601 -8.612 -3.360 1.667 H21 WYD 67 WYD H22 H22 H 0 1 N N N -1.334 27.460 16.025 0.165 -0.230 1.211 H22 WYD 68 WYD H23 H23 H 0 1 N N N 3.047 27.454 18.920 0.018 4.048 -1.522 H23 WYD 69 WYD H24 H24 H 0 1 N N N 2.952 28.286 17.331 0.785 3.854 0.072 H24 WYD 70 WYD H25 H25 H 0 1 N N N -2.134 39.515 18.640 12.093 -2.152 -1.702 H25 WYD 71 WYD H26 H26 H 0 1 N N N -0.952 38.383 17.900 11.210 -3.002 -0.411 H26 WYD 72 WYD H27 H27 H 0 1 N N N -2.371 38.945 16.953 10.580 -3.011 -2.076 H27 WYD 73 WYD H28 H28 H 0 1 N N N -3.840 35.950 17.245 8.398 -2.113 -1.255 H28 WYD 74 WYD H29 H29 H 0 1 N N N -2.087 36.149 16.907 9.027 -2.104 0.409 H29 WYD 75 WYD H30 H30 H 0 1 N N N 0.668 27.800 19.306 0.817 1.746 -2.133 H30 WYD 76 WYD H31 H31 H 0 1 N N N 1.305 25.792 17.939 -1.464 2.075 -1.258 H31 WYD 77 WYD H32 H32 H 0 1 N N N -1.007 22.917 11.203 -10.782 -3.210 0.518 H32 WYD 78 WYD H33 H33 H 0 1 N N N -3.877 19.052 12.497 -7.850 0.748 0.816 H33 WYD 79 WYD H34 H34 H 0 1 N N N -3.060 22.789 16.202 -4.255 -0.226 1.289 H34 WYD 80 WYD H35 H35 H 0 1 N N N -3.777 20.385 14.876 -6.519 -0.449 2.451 H35 WYD 81 WYD H36 H36 H 0 1 N N N -2.430 19.211 14.693 -6.838 -2.164 2.806 H36 WYD 82 WYD H37 H37 H 0 1 N N N -4.417 16.935 6.248 -12.468 4.819 -1.343 H37 WYD 83 WYD H38 H38 H 0 1 N N N -3.101 17.699 6.841 -12.868 3.236 -1.030 H38 WYD 84 WYD H40 H40 H 0 1 N N N -0.191 30.886 15.607 4.570 2.268 2.086 H40 WYD 85 WYD H41 H41 H 0 1 N N N -4.554 30.005 20.921 4.229 -4.013 -2.433 H41 WYD 86 WYD H42 H42 H 0 1 N N N -3.486 27.821 16.888 0.921 -2.403 0.570 H42 WYD 87 WYD H43 H43 H 0 1 N N N 3.771 29.678 19.027 2.241 4.921 -1.491 H43 WYD 88 WYD H44 H44 H 0 1 N N N 1.988 26.906 15.962 -0.843 3.023 0.845 H44 WYD 89 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal WYD NAA CAN SING N N 1 WYD CAN CBG SING N N 2 WYD CBG CAZ TRIP N N 3 WYD CAZ CBI SING N N 4 WYD CAF CBI DOUB Y N 5 WYD CAF CBA SING Y N 6 WYD CBI CBB SING Y N 7 WYD CBA CAP DOUB Y N 8 WYD CBB CAO DOUB Y N 9 WYD CAP CAO SING Y N 10 WYD CAO CBE SING N N 11 WYD CBE NAC SING N N 12 WYD NAC NAB SING Y N 13 WYD NAC CBD SING Y N 14 WYD O7 C7 DOUB N N 15 WYD NAB NAE DOUB Y N 16 WYD O3 C3 SING N N 17 WYD OBQ CAY SING N N 18 WYD N2 C7 SING N N 19 WYD N2 C2 SING N N 20 WYD CBD CAS DOUB Y N 21 WYD C7 C8 SING N N 22 WYD NAE CAS SING Y N 23 WYD C3 C2 SING N N 24 WYD C3 C4 SING N N 25 WYD CAS CAJ SING N N 26 WYD OBP CAH SING N N 27 WYD OBP CAJ SING N N 28 WYD CAQ OBK SING N N 29 WYD CAQ CAH SING N N 30 WYD CAQ CAK SING N N 31 WYD O4 C4 SING N N 32 WYD O4 CAK SING N N 33 WYD C2 C1 SING N N 34 WYD CAY CAH SING N N 35 WYD CAY CAX SING N N 36 WYD OBR CAK SING N N 37 WYD OBR CAX SING N N 38 WYD CAV CAI SING N N 39 WYD CAV O1 SING N N 40 WYD C4 C5 SING N N 41 WYD CAU CAI SING N N 42 WYD C1 O1 SING N N 43 WYD C1 O5 SING N N 44 WYD CAX CAR SING N N 45 WYD CAR OBL SING N N 46 WYD C5 O5 SING N N 47 WYD C5 C6 SING N N 48 WYD C6 O6 SING N N 49 WYD C4 H1 SING N N 50 WYD C5 H2 SING N N 51 WYD C6 H3 SING N N 52 WYD C6 H4 SING N N 53 WYD C8 H5 SING N N 54 WYD C8 H6 SING N N 55 WYD C8 H7 SING N N 56 WYD N2 H8 SING N N 57 WYD C3 H9 SING N N 58 WYD C1 H10 SING N N 59 WYD C2 H11 SING N N 60 WYD CAF H12 SING N N 61 WYD CAH H13 SING N N 62 WYD CAI H14 SING N N 63 WYD CAI H15 SING N N 64 WYD CAJ H16 SING N N 65 WYD CAJ H17 SING N N 66 WYD CAK H18 SING N N 67 WYD CAN H19 SING N N 68 WYD CAN H20 SING N N 69 WYD CAP H21 SING N N 70 WYD CAQ H22 SING N N 71 WYD CAR H23 SING N N 72 WYD CAR H24 SING N N 73 WYD CAU H25 SING N N 74 WYD CAU H26 SING N N 75 WYD CAU H27 SING N N 76 WYD CAV H28 SING N N 77 WYD CAV H29 SING N N 78 WYD CAX H30 SING N N 79 WYD CAY H31 SING N N 80 WYD CBA H32 SING N N 81 WYD CBB H33 SING N N 82 WYD CBD H34 SING N N 83 WYD CBE H35 SING N N 84 WYD CBE H36 SING N N 85 WYD NAA H37 SING N N 86 WYD NAA H38 SING N N 87 WYD O3 H40 SING N N 88 WYD O6 H41 SING N N 89 WYD OBK H42 SING N N 90 WYD OBL H43 SING N N 91 WYD OBQ H44 SING N N 92 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor WYD InChI InChI 1.03 ;InChI=1S/C30H43N5O11/c1-3-10-42-29-23(32-17(2)38)25(40)27(22(15-37)45-29)46-30-26(41)28(24(39)21(14-36)44-30)43-16-20-13-35(34-33-20)12-19-7-4-6-18(11-19)8-5-9-31/h4,6-7,11,13,21-30,36-37,39-41H,3,9-10,12,14-16,31H2,1-2H3,(H,32,38)/t21-,22-,23-,24+,25-,26-,27-,28+,29-,30+/m1/s1 ; WYD InChIKey InChI 1.03 UZRLHTZEARMTAQ-JSXKIBNASA-N WYD SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CCCO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](OCc3cn(Cc4cccc(c4)C#CCN)nn3)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1NC(C)=O" WYD SMILES CACTVS 3.385 "CCCO[CH]1O[CH](CO)[CH](O[CH]2O[CH](CO)[CH](O)[CH](OCc3cn(Cc4cccc(c4)C#CCN)nn3)[CH]2O)[CH](O)[CH]1NC(C)=O" WYD SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CCCO[C@H]1[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O1)CO)O[C@H]2[C@@H]([C@H]([C@H]([C@H](O2)CO)O)OCc3cn(nn3)Cc4cccc(c4)C#CCN)O)O)NC(=O)C" WYD SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CCCOC1C(C(C(C(O1)CO)OC2C(C(C(C(O2)CO)O)OCc3cn(nn3)Cc4cccc(c4)C#CCN)O)O)NC(=O)C" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier WYD "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 ;~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-4-[[1-[[3-(3-azanylprop-1-ynyl)phenyl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-2-propoxy-oxan-3-yl]ethanamide ; # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site WYD "Create component" 2017-01-20 EBI WYD "Initial release" 2018-02-28 RCSB #