data_JY # _chem_comp.id JY _chem_comp.name "3-(2-{4-[2-(5-HYDROXY-2-METHYLENE-CYCLOHEXYLIDENE)-ETHYLIDENE]-7A-METHYL-OCTAHYDRO-INDEN-1-YL}-PROPYL)-PHENOL" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C28 H38 O2" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms "22-(M-HYDROXYPHENYL)-23,24,25,26,27-PENTANOR VITAMIN D3" _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2001-06-06 _chem_comp.pdbx_modified_date 2020-06-17 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 406.600 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code JY _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 1J7E _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal JY O2 O2 O 0 1 N N N 36.710 122.661 -43.495 -1.534 2.043 -7.700 O2 JY 1 JY C1 C1 C 0 1 N N N 40.089 121.336 -42.111 -2.467 -0.648 -5.249 C1 JY 2 JY C2 C2 C 0 1 N N N 38.565 121.638 -42.177 -2.381 0.067 -6.601 C2 JY 3 JY C3 C3 C 0 1 N N S 38.129 122.607 -43.348 -1.490 1.303 -6.478 C3 JY 4 JY C4 C4 C 0 1 N N N 38.718 122.200 -44.734 -0.047 0.877 -6.192 C4 JY 5 JY C5 C5 C 0 1 N N N 40.214 121.861 -44.648 -0.037 0.048 -4.923 C5 JY 6 JY C6 C6 C 0 1 N N N 41.153 122.441 -45.579 0.864 0.265 -3.943 C6 JY 7 JY C7 C7 C 0 1 N N N 42.641 122.457 -45.334 0.842 -0.556 -2.731 C7 JY 8 JY C8 C8 C 0 1 N N N 43.607 122.384 -46.294 1.733 -0.341 -1.764 C8 JY 9 JY C9 C9 C 0 1 N N N 43.307 122.203 -47.805 2.797 0.742 -1.861 C9 JY 10 JY C10 C10 C 0 1 N N N 40.587 120.928 -43.498 -1.058 -1.013 -4.813 C10 JY 11 JY C11 C11 C 0 1 N N N 44.003 123.268 -48.693 2.807 1.604 -0.600 C11 JY 12 JY C12 C12 C 0 1 N N N 45.542 123.357 -48.414 2.823 0.746 0.676 C12 JY 13 JY C13 C13 C 0 1 N N R 45.885 123.578 -46.884 1.600 -0.133 0.664 C13 JY 14 JY C14 C14 C 0 1 N N S 45.123 122.500 -46.040 1.759 -1.151 -0.501 C14 JY 15 JY C15 C15 C 0 1 N N N 45.676 122.778 -44.583 0.567 -2.079 -0.255 C15 JY 16 JY C16 C16 C 0 1 N N N 47.155 123.245 -44.832 0.589 -2.264 1.288 C16 JY 17 JY C17 C17 C 0 1 N N R 47.333 123.155 -46.380 1.320 -1.023 1.865 C17 JY 18 JY C18 C18 C 0 1 N N N 45.419 125.060 -46.530 0.365 0.721 0.373 C18 JY 19 JY C19 C19 C 0 1 N N N 41.262 119.772 -43.710 -0.763 -2.228 -4.349 C19 JY 20 JY C20 C20 C 0 1 N N R 48.693 123.835 -46.915 0.423 -0.297 2.868 C20 JY 21 JY C21 C21 C 0 1 N N N 48.664 125.386 -46.888 1.134 0.960 3.372 C21 JY 22 JY C22 C22 C 0 1 N N N 49.119 123.387 -48.357 0.125 -1.222 4.050 C22 JY 23 JY C23 C23 C 0 1 Y N N 49.843 119.582 -48.517 -2.948 0.063 5.827 C23 JY 24 JY C24 C24 C 0 1 Y N N 51.252 119.550 -48.372 -2.389 0.806 6.850 C24 JY 25 JY C25 C25 C 0 1 Y N N 51.985 120.775 -48.219 -1.009 0.893 6.968 C25 JY 26 JY C26 C26 C 0 1 Y N N 51.276 122.006 -48.216 -0.194 0.230 6.061 C26 JY 27 JY C27 C27 C 0 1 Y N N 49.865 122.053 -48.361 -0.758 -0.506 5.038 C27 JY 28 JY C28 C28 C 0 1 Y N N 49.157 120.823 -48.512 -2.134 -0.591 4.922 C28 JY 29 JY O1 O1 O 0 1 N N N 53.336 120.709 -48.082 -0.457 1.622 7.973 O1 JY 30 JY HO21 1HO2 H 0 0 N N N 36.448 123.243 -44.198 -0.965 2.815 -7.579 HO21 JY 31 JY H11 1H1 H 0 1 N N N 40.335 120.575 -41.334 -2.923 0.012 -4.513 H11 JY 32 JY H12 2H1 H 0 1 N N N 40.670 122.189 -41.688 -3.065 -1.554 -5.351 H12 JY 33 JY H21 1H2 H 0 1 N N N 38.207 122.032 -41.197 -3.380 0.370 -6.915 H21 JY 34 JY H22 2H2 H 0 1 N N N 37.985 120.687 -42.227 -1.959 -0.610 -7.344 H22 JY 35 JY H31 1H3 H 0 1 N N N 38.534 123.602 -43.049 -1.852 1.930 -5.662 H31 JY 36 JY H41 1H4 H 0 1 N N N 38.525 122.985 -45.502 0.576 1.760 -6.058 H41 JY 37 JY H42 2H4 H 0 1 N N N 38.139 121.363 -45.189 0.331 0.281 -7.022 H42 JY 38 JY H61 1H6 H 0 1 N N N 40.725 122.881 -46.496 1.603 1.046 -4.053 H61 JY 39 JY H71 1H7 H 0 1 N N N 43.078 122.532 -44.324 0.104 -1.337 -2.622 H71 JY 40 JY H91 1H9 H 0 1 N N N 42.208 122.184 -47.993 3.774 0.276 -1.985 H91 JY 41 JY H92 2H9 H 0 1 N N N 43.567 121.172 -48.142 2.589 1.373 -2.725 H92 JY 42 JY H111 1H11 H 0 0 N N N 43.515 124.265 -48.585 3.692 2.240 -0.611 H111 JY 43 JY H112 2H11 H 0 0 N N N 43.799 123.088 -49.774 1.918 2.235 -0.594 H112 JY 44 JY H121 1H12 H 0 0 N N N 46.015 124.145 -49.045 3.716 0.123 0.692 H121 JY 45 JY H122 2H12 H 0 0 N N N 46.071 122.461 -48.814 2.804 1.391 1.555 H122 JY 46 JY H141 1H14 H 0 0 N N N 45.321 121.442 -46.331 2.698 -1.697 -0.414 H141 JY 47 JY H151 1H15 H 0 0 N N N 45.576 121.918 -43.880 0.710 -3.034 -0.761 H151 JY 48 JY H152 2H15 H 0 0 N N N 45.062 123.491 -43.985 -0.361 -1.607 -0.574 H152 JY 49 JY H161 1H16 H 0 0 N N N 47.917 122.675 -44.251 1.132 -3.173 1.548 H161 JY 50 JY H162 2H16 H 0 0 N N N 47.396 124.245 -44.402 -0.428 -2.311 1.673 H162 JY 51 JY H171 1H17 H 0 0 N N N 47.573 122.166 -46.835 2.255 -1.322 2.341 H171 JY 52 JY H181 1H18 H 0 0 N N N 44.350 125.259 -46.777 0.482 1.213 -0.591 H181 JY 53 JY H182 2H18 H 0 0 N N N 45.661 125.216 -45.453 -0.519 0.085 0.352 H182 JY 54 JY H183 3H18 H 0 0 N N N 45.861 125.835 -47.199 0.252 1.474 1.153 H183 JY 55 JY H191 1H19 H 0 0 N N N 41.621 119.478 -44.710 0.246 -2.460 -4.046 H191 JY 56 JY H192 2H19 H 0 0 N N N 41.531 119.098 -42.879 -1.535 -2.980 -4.276 H192 JY 57 JY H201 1H20 H 0 0 N N N 49.449 123.461 -46.186 -0.511 -0.015 2.382 H201 JY 58 JY H211 1H21 H 0 0 N N N 48.413 125.758 -45.867 2.069 0.679 3.857 H211 JY 59 JY H212 2H21 H 0 0 N N N 49.605 125.856 -47.258 1.346 1.619 2.530 H212 JY 60 JY H213 3H21 H 0 0 N N N 47.782 125.774 -47.450 0.495 1.478 4.086 H213 JY 61 JY H221 1H22 H 0 0 N N N 49.716 124.181 -48.863 -0.381 -2.118 3.691 H221 JY 62 JY H222 2H22 H 0 0 N N N 48.241 123.357 -49.043 1.059 -1.503 4.535 H222 JY 63 JY H231 1H23 H 0 0 N N N 49.280 118.641 -48.634 -4.022 -0.004 5.735 H231 JY 64 JY H241 1H24 H 0 0 N N N 51.774 118.579 -48.378 -3.025 1.318 7.556 H241 JY 65 JY H261 1H26 H 0 0 N N N 51.835 122.949 -48.098 0.879 0.295 6.151 H261 JY 66 JY H281 1H28 H 0 0 N N N 48.060 120.832 -48.627 -2.573 -1.171 4.124 H281 JY 67 JY HO11 1HO1 H 0 0 N N N 53.821 121.520 -47.981 -0.342 1.023 8.723 HO11 JY 68 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal JY O2 C3 SING N N 1 JY O2 HO21 SING N N 2 JY C1 C2 SING N N 3 JY C1 C10 SING N N 4 JY C1 H11 SING N N 5 JY C1 H12 SING N N 6 JY C2 C3 SING N N 7 JY C2 H21 SING N N 8 JY C2 H22 SING N N 9 JY C3 C4 SING N N 10 JY C3 H31 SING N N 11 JY C4 C5 SING N N 12 JY C4 H41 SING N N 13 JY C4 H42 SING N N 14 JY C5 C6 DOUB N Z 15 JY C5 C10 SING N N 16 JY C6 C7 SING N N 17 JY C6 H61 SING N N 18 JY C7 C8 DOUB N E 19 JY C7 H71 SING N N 20 JY C8 C9 SING N N 21 JY C8 C14 SING N N 22 JY C9 C11 SING N N 23 JY C9 H91 SING N N 24 JY C9 H92 SING N N 25 JY C10 C19 DOUB N N 26 JY C11 C12 SING N N 27 JY C11 H111 SING N N 28 JY C11 H112 SING N N 29 JY C12 C13 SING N N 30 JY C12 H121 SING N N 31 JY C12 H122 SING N N 32 JY C13 C14 SING N N 33 JY C13 C17 SING N N 34 JY C13 C18 SING N N 35 JY C14 C15 SING N N 36 JY C14 H141 SING N N 37 JY C15 C16 SING N N 38 JY C15 H151 SING N N 39 JY C15 H152 SING N N 40 JY C16 C17 SING N N 41 JY C16 H161 SING N N 42 JY C16 H162 SING N N 43 JY C17 C20 SING N N 44 JY C17 H171 SING N N 45 JY C18 H181 SING N N 46 JY C18 H182 SING N N 47 JY C18 H183 SING N N 48 JY C19 H191 SING N N 49 JY C19 H192 SING N N 50 JY C20 C21 SING N N 51 JY C20 C22 SING N N 52 JY C20 H201 SING N N 53 JY C21 H211 SING N N 54 JY C21 H212 SING N N 55 JY C21 H213 SING N N 56 JY C22 C27 SING N N 57 JY C22 H221 SING N N 58 JY C22 H222 SING N N 59 JY C23 C24 DOUB Y N 60 JY C23 C28 SING Y N 61 JY C23 H231 SING N N 62 JY C24 C25 SING Y N 63 JY C24 H241 SING N N 64 JY C25 C26 DOUB Y N 65 JY C25 O1 SING N N 66 JY C26 C27 SING Y N 67 JY C26 H261 SING N N 68 JY C27 C28 DOUB Y N 69 JY C28 H281 SING N N 70 JY O1 HO11 SING N N 71 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor JY SMILES ACDLabs 10.04 "OC4CC(=C/C=C2\CCCC3(C)C(C(C)Cc1cccc(O)c1)CCC23)/C(=C)CC4" JY SMILES_CANONICAL CACTVS 3.341 "C[C@H](Cc1cccc(O)c1)[C@H]2CC[C@H]3C(/CCC[C@]23C)=C/C=C4/C[C@@H](O)CCC4=C" JY SMILES CACTVS 3.341 "C[CH](Cc1cccc(O)c1)[CH]2CC[CH]3C(CCC[C]23C)=CC=C4C[CH](O)CCC4=C" JY SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C[C@H](Cc1cccc(c1)O)[C@H]2CC[C@@H]\3[C@@]2(CCC/C3=C\C=C4C[C@H](CCC4=C)O)C" JY SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "CC(Cc1cccc(c1)O)C2CCC3C2(CCCC3=CC=C4CC(CCC4=C)O)C" JY InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C28H38O2/c1-19-9-12-25(30)18-23(19)11-10-22-7-5-15-28(3)26(13-14-27(22)28)20(2)16-21-6-4-8-24(29)17-21/h4,6,8,10-11,17,20,25-27,29-30H,1,5,7,9,12-16,18H2,2-3H3/b22-10+,23-11-/t20-,25+,26-,27+,28-/m1/s1" JY InChIKey InChI 1.03 FUULLJKQLABNSA-YPMWTJJSSA-N # # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier JY "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 10.04 "3-{(2R)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-4-{(2Z)-2-[(5S)-5-hydroxy-2-methylidenecyclohexylidene]ethylidene}-7a-methyloctahydro-1H-inden-1-yl]propyl}phenol (non-preferred name)" JY "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "3-[(2R)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-4-[2-[(5S)-5-hydroxy-2-methylidene-cyclohexylidene]ethylidene]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-1-yl]propyl]phenol" # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site JY "Create component" 2001-06-06 RCSB JY "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB JY "Modify synonyms" 2020-06-05 PDBE # _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1 _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id JY _pdbx_chem_comp_synonyms.name "22-(M-HYDROXYPHENYL)-23,24,25,26,27-PENTANOR VITAMIN D3" _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance ? _pdbx_chem_comp_synonyms.type ? ##