data_D5E # _chem_comp.id D5E _chem_comp.name paromamine _chem_comp.type D-saccharide _chem_comp.pdbx_type ATOMS _chem_comp.formula "C12 H25 N3 O7" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id PA1 _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2017-12-21 _chem_comp.pdbx_modified_date 2020-07-17 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 323.343 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code D5E _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 6FD2 _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal D5E C4A C4 C 0 1 N N R 80.895 -52.454 -11.087 -1.147 -0.000 0.105 C4A D5E 1 D5E C5A C5 C 0 1 N N R 80.346 -53.913 -10.942 -2.194 -1.088 -0.146 C5A D5E 2 D5E O1 O4 O 0 1 N N N 80.551 -51.868 -12.366 0.107 -0.609 0.417 O1 D5E 3 D5E C6A C6 C 0 1 N N S 80.812 -54.519 -9.648 -3.537 -0.435 -0.481 C6A D5E 4 D5E N1 N1 N 0 1 N N N 82.838 -55.124 -8.297 -5.273 1.069 0.369 N1 D5E 5 D5E O5A O5 O 0 1 N N N 78.896 -53.986 -11.036 -1.776 -1.908 -1.239 O5A D5E 6 D5E O6A O6 O 0 1 N N N 80.382 -55.903 -9.623 -4.514 -1.451 -0.714 O6A D5E 7 D5E N3 N3 N 0 1 N N N 82.888 -51.032 -11.076 -0.589 1.922 1.516 N3 D5E 8 D5E C1A C1 C 0 1 N N R 82.356 -54.463 -9.530 -3.983 0.442 0.690 C1A D5E 9 D5E C2A C2 C 0 1 N N N 82.818 -53.020 -9.571 -2.937 1.530 0.941 C2A D5E 10 D5E C3A C3 C 0 1 N N S 82.390 -52.416 -10.926 -1.594 0.878 1.275 C3A D5E 11 D5E C1 "C1'" C 0 1 N N S 79.215 -51.490 -12.686 0.899 -0.930 -0.728 C1 D5E 12 D5E C2 "C2'" C 0 1 N N R 79.181 -51.154 -14.160 2.082 -1.804 -0.303 C2 D5E 13 D5E N2 "N2'" N 0 1 N N N 79.584 -52.338 -14.927 1.582 -3.017 0.360 N2 D5E 14 D5E C3 "C3'" C 0 1 N N R 80.104 -49.979 -14.463 2.966 -1.016 0.668 C3 D5E 15 D5E O3 "O3'" O 0 1 N N N 80.066 -49.675 -15.861 4.111 -1.798 1.013 O3 D5E 16 D5E C4 "C4'" C 0 1 N N S 79.661 -48.780 -13.662 3.417 0.282 -0.009 C4 D5E 17 D5E O4 "O4'" O 0 1 N N N 80.523 -47.665 -13.964 4.184 1.059 0.913 O4 D5E 18 D5E C5 "C5'" C 0 1 N N R 79.753 -49.171 -12.185 2.183 1.076 -0.445 C5 D5E 19 D5E O5 "O5'" O 0 1 N N N 78.878 -50.313 -11.917 1.389 0.274 -1.322 O5 D5E 20 D5E C6 "C6'" C 0 1 N N N 79.418 -47.982 -11.270 2.626 2.345 -1.176 C6 D5E 21 D5E O6 "O6'" O 0 1 N N N 79.600 -48.369 -9.900 1.480 3.143 -1.481 O6 D5E 22 D5E H1A H1 H 0 1 N N N 80.446 -51.850 -10.284 -1.040 0.614 -0.790 H1A D5E 23 D5E H2A H2 H 0 1 N N N 80.777 -54.503 -11.764 -2.301 -1.701 0.749 H2A D5E 24 D5E H3A H3 H 0 1 N N N 80.370 -53.968 -8.805 -3.430 0.178 -1.375 H3A D5E 25 D5E H4A H4 H 0 1 N N N 83.836 -55.068 -8.256 -5.589 1.654 1.127 H4A D5E 26 D5E H5A H5 H 0 1 N N N 82.446 -54.667 -7.499 -5.216 1.591 -0.492 H5A D5E 27 D5E H7 H7 H 0 1 N N N 78.617 -54.889 -10.942 -2.394 -2.620 -1.454 H7 D5E 28 D5E H8 H8 H 0 1 N N N 80.666 -56.309 -8.812 -4.296 -2.046 -1.444 H8 D5E 29 D5E H9 H9 H 0 1 N N N 83.882 -51.021 -10.967 -0.913 2.584 2.205 H9 D5E 30 D5E H10 H10 H 0 1 N N N 82.649 -50.688 -11.984 0.294 1.518 1.789 H10 D5E 31 D5E H12 H12 H 0 1 N N N 82.780 -54.986 -10.400 -4.090 -0.171 1.584 H12 D5E 32 D5E H13 H13 H 0 1 N N N 83.913 -52.976 -9.473 -2.829 2.144 0.046 H13 D5E 33 D5E H14 H14 H 0 1 N N N 82.353 -52.457 -8.748 -3.255 2.155 1.775 H14 D5E 34 D5E H15 H15 H 0 1 N N N 82.835 -53.033 -11.721 -1.701 0.264 2.170 H15 D5E 35 D5E H1 H16 H 0 1 N N N 78.511 -52.308 -12.474 0.289 -1.470 -1.452 H1 D5E 36 D5E H2 H17 H 0 1 N N N 78.154 -50.873 -14.435 2.663 -2.083 -1.181 H2 D5E 37 D5E HN21 H18 H 0 0 N N N 78.969 -53.098 -14.716 0.992 -3.551 -0.260 HN21 D5E 38 D5E HN22 H19 H 0 0 N Y N 79.538 -52.133 -15.905 2.345 -3.579 0.707 HN22 D5E 39 D5E H3 H21 H 0 1 N N N 81.128 -50.249 -14.165 2.399 -0.780 1.569 H3 D5E 40 D5E HO3 H22 H 0 1 N Y N 80.643 -48.942 -16.042 4.717 -1.360 1.627 HO3 D5E 41 D5E H4 H23 H 0 1 N N N 78.617 -48.538 -13.909 4.026 0.045 -0.881 H4 D5E 42 D5E HO4 H24 H 0 1 N Y N 80.248 -46.907 -13.462 4.503 1.897 0.551 HO4 D5E 43 D5E H5 H25 H 0 1 N N N 80.792 -49.469 -11.980 1.596 1.347 0.432 H5 D5E 44 D5E H61 H26 H 0 1 N N N 80.084 -47.139 -11.505 3.305 2.913 -0.539 H61 D5E 45 D5E H62 H27 H 0 1 N N N 78.373 -47.679 -11.430 3.136 2.074 -2.100 H62 D5E 46 D5E HO6 H28 H 0 1 N Y N 79.393 -47.635 -9.333 1.686 3.966 -1.945 HO6 D5E 47 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal D5E O3 C3 SING N N 1 D5E N2 C2 SING N N 2 D5E C3 C2 SING N N 3 D5E C3 C4 SING N N 4 D5E C2 C1 SING N N 5 D5E O4 C4 SING N N 6 D5E C4 C5 SING N N 7 D5E C1 O1 SING N N 8 D5E C1 O5 SING N N 9 D5E O1 C4A SING N N 10 D5E C5 O5 SING N N 11 D5E C5 C6 SING N N 12 D5E C6 O6 SING N N 13 D5E C4A C5A SING N N 14 D5E C4A C3A SING N N 15 D5E N3 C3A SING N N 16 D5E O5A C5A SING N N 17 D5E C5A C6A SING N N 18 D5E C3A C2A SING N N 19 D5E C6A O6A SING N N 20 D5E C6A C1A SING N N 21 D5E C2A C1A SING N N 22 D5E C1A N1 SING N N 23 D5E C4A H1A SING N N 24 D5E C5A H2A SING N N 25 D5E C6A H3A SING N N 26 D5E N1 H4A SING N N 27 D5E N1 H5A SING N N 28 D5E O5A H7 SING N N 29 D5E O6A H8 SING N N 30 D5E N3 H9 SING N N 31 D5E N3 H10 SING N N 32 D5E C1A H12 SING N N 33 D5E C2A H13 SING N N 34 D5E C2A H14 SING N N 35 D5E C3A H15 SING N N 36 D5E C1 H1 SING N N 37 D5E C2 H2 SING N N 38 D5E N2 HN21 SING N N 39 D5E N2 HN22 SING N N 40 D5E C3 H3 SING N N 41 D5E O3 HO3 SING N N 42 D5E C4 H4 SING N N 43 D5E O4 HO4 SING N N 44 D5E C5 H5 SING N N 45 D5E C6 H61 SING N N 46 D5E C6 H62 SING N N 47 D5E O6 HO6 SING N N 48 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor D5E InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C12H25N3O7/c13-3-1-4(14)11(10(20)7(3)17)22-12-6(15)9(19)8(18)5(2-16)21-12/h3-12,16-20H,1-2,13-15H2/t3-,4+,5-,6-,7+,8-,9-,10-,11-,12-/m1/s1" D5E InChIKey InChI 1.03 JGSMDVGTXBPWIM-HKEUSBCWSA-N D5E SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "N[C@@H]1C[C@H](N)[C@@H](O[C@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]2N)[C@H](O)[C@H]1O" D5E SMILES CACTVS 3.385 "N[CH]1C[CH](N)[CH](O[CH]2O[CH](CO)[CH](O)[CH](O)[CH]2N)[CH](O)[CH]1O" D5E SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "C1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]1N)O[C@@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)N)O)O)N" D5E SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "C1C(C(C(C(C1N)OC2C(C(C(C(O2)CO)O)O)N)O)O)N" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id D5E _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.6 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier ;(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-5-azanyl-6-[(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R},6~{S})-4,6-bis(azanyl)-2,3-bis(oxidanyl)cyclohexyl ]oxy-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol ; # _pdbx_chem_comp_related.comp_id D5E _pdbx_chem_comp_related.related_comp_id PA1 _pdbx_chem_comp_related.relationship_type "Carbohydrate core" _pdbx_chem_comp_related.details ? # # loop_ _pdbx_chem_comp_atom_related.ordinal _pdbx_chem_comp_atom_related.comp_id _pdbx_chem_comp_atom_related.atom_id _pdbx_chem_comp_atom_related.related_comp_id _pdbx_chem_comp_atom_related.related_atom_id _pdbx_chem_comp_atom_related.related_type 1 D5E C1 PA1 C1 "Carbohydrate core" 2 D5E C2 PA1 C2 "Carbohydrate core" 3 D5E C3 PA1 C3 "Carbohydrate core" 4 D5E C4 PA1 C4 "Carbohydrate core" 5 D5E C5 PA1 C5 "Carbohydrate core" 6 D5E C6 PA1 C6 "Carbohydrate core" 7 D5E N2 PA1 N2 "Carbohydrate core" 8 D5E O3 PA1 O3 "Carbohydrate core" 9 D5E O1 PA1 O1 "Carbohydrate core" 10 D5E O4 PA1 O4 "Carbohydrate core" 11 D5E O5 PA1 O5 "Carbohydrate core" 12 D5E O6 PA1 O6 "Carbohydrate core" 13 D5E H1 PA1 H1 "Carbohydrate core" 14 D5E H2 PA1 H2 "Carbohydrate core" 15 D5E HN21 PA1 HN21 "Carbohydrate core" 16 D5E HN22 PA1 HN22 "Carbohydrate core" 17 D5E H3 PA1 H3 "Carbohydrate core" 18 D5E HO3 PA1 HO3 "Carbohydrate core" 19 D5E H4 PA1 H4 "Carbohydrate core" 20 D5E HO4 PA1 HO4 "Carbohydrate core" 21 D5E H5 PA1 H5 "Carbohydrate core" 22 D5E H61 PA1 H61 "Carbohydrate core" 23 D5E H62 PA1 H62 "Carbohydrate core" 24 D5E HO6 PA1 HO6 "Carbohydrate core" # # loop_ _pdbx_chem_comp_feature.comp_id _pdbx_chem_comp_feature.type _pdbx_chem_comp_feature.value _pdbx_chem_comp_feature.source _pdbx_chem_comp_feature.support D5E "CARBOHYDRATE ISOMER" D PDB ? D5E "CARBOHYDRATE RING" pyranose PDB ? D5E "CARBOHYDRATE ANOMER" alpha PDB ? D5E "CARBOHYDRATE PRIMARY CARBONYL GROUP" aldose PDB ? # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site D5E "Create component" 2017-12-21 RCSB D5E "Initial release" 2018-01-17 RCSB D5E "Other modification" 2020-07-03 RCSB D5E "Modify parent residue" 2020-07-17 RCSB D5E "Modify internal type" 2020-07-17 RCSB D5E "Modify linking type" 2020-07-17 RCSB D5E "Modify atom id" 2020-07-17 RCSB D5E "Modify component atom id" 2020-07-17 RCSB D5E "Modify leaving atom flag" 2020-07-17 RCSB ##