data_6G6 # _chem_comp.id 6G6 _chem_comp.name "2-amino-9-{5-O-[(R)-{[(S)-{dichloro[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2-O-methyl-beta-D-ribofuranosyl}-7-methyl-9H-purin-7-ium-6-olate" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C13 H21 Cl2 N5 O16 P4" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2016-04-05 _chem_comp.pdbx_modified_date 2019-09-04 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 698.131 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code 6G6 _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 5J5Y _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site EBI # # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal 6G6 O1 O5P O 0 1 N N N -58.424 -33.182 50.016 -8.916 -0.886 1.828 O1 6G6 1 6G6 P1 PA P 0 1 N N N -58.906 -34.644 49.541 -8.114 -1.869 0.836 P1 6G6 2 6G6 O2 OA1 O 0 1 N N N -58.224 -35.696 50.382 -8.104 -3.358 1.449 O2 6G6 3 6G6 O3 OA2 O 0 1 N N N -60.404 -34.725 49.700 -8.778 -1.884 -0.486 O3 6G6 4 6G6 O4 OAB O 0 1 N N N -58.555 -34.853 47.985 -6.600 -1.346 0.670 O4 6G6 5 6G6 P2 PB P 0 1 N N N -58.077 -36.280 47.414 -5.919 -0.128 -0.132 P2 6G6 6 6G6 O5 OB2 O 0 1 N N N -58.541 -36.423 45.984 -6.479 1.155 0.350 O5 6G6 7 6G6 O6 OB1 O 0 1 N N N -58.681 -37.360 48.279 -6.221 -0.287 -1.706 O6 6G6 8 6G6 C1 CBC C 0 1 N N N -56.232 -36.307 47.432 -4.118 -0.148 0.146 C1 6G6 9 6G6 CL1 CL1 CL 0 0 N N N -55.638 -35.923 49.071 -3.780 0.030 1.908 CL1 6G6 10 6G6 CL2 CL2 CL 0 0 N N N -55.717 -35.014 46.313 -3.436 -1.711 -0.441 CL2 6G6 11 6G6 P3 PC P 0 1 N N N -55.386 -37.842 46.871 -3.347 1.231 -0.763 P3 6G6 12 6G6 O7 OC2 O 0 1 N N N -56.037 -38.339 45.600 -3.906 2.513 -0.281 O7 6G6 13 6G6 O8 OC1 O 0 1 N N N -55.402 -38.914 47.936 -3.648 1.071 -2.336 O8 6G6 14 6G6 O9 OCD O 0 1 N N N -53.878 -37.456 46.489 -1.756 1.213 -0.517 O9 6G6 15 6G6 P4 PD P 0 1 N N N -52.510 -37.733 47.297 -0.535 2.134 -1.021 P4 6G6 16 6G6 O10 OD2 O 0 1 N N N -51.813 -38.903 46.648 -0.910 3.561 -0.896 O10 6G6 17 6G6 O11 OD1 O 0 1 N N N -52.641 -37.809 48.784 -0.210 1.798 -2.561 O11 6G6 18 6G6 O12 O5* O 0 1 N N N -51.642 -36.432 46.949 0.766 1.841 -0.120 O12 6G6 19 6G6 C2 C5* C 0 1 N N N -52.277 -35.158 47.043 1.985 2.576 -0.251 C2 6G6 20 6G6 C3 C4* C 0 1 N N R -51.205 -34.120 46.816 3.012 2.042 0.750 C3 6G6 21 6G6 O13 O4* O 0 1 N N N -50.116 -34.431 47.672 3.380 0.697 0.403 O13 6G6 22 6G6 C4 C3* C 0 1 N N R -50.604 -34.152 45.432 4.293 2.897 0.692 C4 6G6 23 6G6 O14 O3* O 0 1 N N N -51.422 -33.408 44.521 4.552 3.496 1.963 O14 6G6 24 6G6 C5 C2* C 0 1 N N R -49.252 -33.514 45.669 5.408 1.886 0.332 C5 6G6 25 6G6 O15 O2* O 0 1 N N N -49.373 -32.083 45.531 6.595 2.146 1.084 O15 6G6 26 6G6 C6 CM2 C 0 1 N N N -49.074 -31.335 46.721 7.514 3.026 0.433 C6 6G6 27 6G6 C7 C1* C 0 1 N N R -48.920 -33.979 47.086 4.771 0.537 0.753 C7 6G6 28 6G6 N1 N9 N 0 1 Y N N -48.017 -35.141 46.989 5.368 -0.572 0.004 N1 6G6 29 6G6 C8 C8 C 0 1 Y N N -48.330 -36.447 47.038 4.878 -1.128 -1.141 C8 6G6 30 6G6 N2 N7 N 1 1 Y N N -47.205 -37.173 46.875 5.659 -2.091 -1.537 N2 6G6 31 6G6 C9 CM7 C 0 1 N N N -47.144 -38.656 46.890 5.449 -2.914 -2.730 C9 6G6 32 6G6 C10 C5 C 0 1 Y N N -46.206 -36.291 46.700 6.697 -2.214 -0.673 C10 6G6 33 6G6 C11 C4 C 0 1 Y N N -46.723 -35.018 46.774 6.525 -1.237 0.323 C11 6G6 34 6G6 N3 N3 N 0 1 Y N N -45.917 -33.949 46.642 7.419 -1.146 1.301 N3 6G6 35 6G6 C12 C2 C 0 1 Y N N -44.591 -34.160 46.421 8.459 -1.963 1.340 C12 6G6 36 6G6 N4 N2 N 0 1 N N N -43.751 -33.117 46.271 9.370 -1.839 2.376 N4 6G6 37 6G6 N5 N1 N 0 1 Y N N -44.069 -35.406 46.359 8.658 -2.899 0.420 N5 6G6 38 6G6 C13 C6 C 0 1 Y N N -44.845 -36.496 46.505 7.819 -3.054 -0.595 C13 6G6 39 6G6 O16 O6 O -1 1 N N N -44.282 -37.699 46.432 8.031 -4.012 -1.529 O16 6G6 40 6G6 H1 H1 H 0 1 N N N -59.177 -32.675 50.296 -8.535 -0.827 2.715 H1 6G6 41 6G6 H2 H2 H 0 1 N N N -58.879 -36.203 50.847 -8.984 -3.737 1.576 H2 6G6 42 6G6 H3 H3 H 0 1 N N N -59.236 -37.918 47.748 -5.882 -1.107 -2.090 H3 6G6 43 6G6 H4 H4 H 0 1 N N N -55.821 -39.695 47.594 -3.309 0.251 -2.721 H4 6G6 44 6G6 H5 H5 H 0 1 N N N -52.248 -38.616 49.096 0.044 0.878 -2.718 H5 6G6 45 6G6 H6 H6 H 0 1 N N N -52.723 -35.030 48.040 2.372 2.461 -1.264 H6 6G6 46 6G6 H7 H7 H 0 1 N N N -53.060 -35.068 46.276 1.797 3.630 -0.052 H7 6G6 47 6G6 H8 H8 H 0 1 N N N -51.604 -33.117 47.028 2.594 2.065 1.756 H8 6G6 48 6G6 H9 H9 H 0 1 N N N -50.478 -35.192 45.097 4.207 3.661 -0.081 H9 6G6 49 6G6 H10 H10 H 0 1 N N N -52.255 -33.851 44.409 3.884 4.139 2.238 H10 6G6 50 6G6 H11 H11 H 0 1 N N N -48.514 -33.919 44.960 5.616 1.900 -0.738 H11 6G6 51 6G6 H12 H12 H 0 1 N N N -49.193 -30.260 46.519 7.031 3.986 0.251 H12 6G6 52 6G6 H13 H13 H 0 1 N N N -49.762 -31.635 47.525 8.388 3.173 1.068 H13 6G6 53 6G6 H14 H14 H 0 1 N N N -48.038 -31.537 47.030 7.824 2.590 -0.517 H14 6G6 54 6G6 H15 H15 H 0 1 N N N -48.457 -33.162 47.660 4.881 0.379 1.827 H15 6G6 55 6G6 H16 H16 H 0 1 N N N -49.321 -36.850 47.184 3.976 -0.815 -1.645 H16 6G6 56 6G6 H17 H17 H 0 1 N N N -48.152 -39.063 47.058 5.940 -2.447 -3.584 H17 6G6 57 6G6 H18 H18 H 0 1 N N N -46.760 -39.017 45.925 5.869 -3.906 -2.566 H18 6G6 58 6G6 H19 H19 H 0 1 N N N -46.475 -38.987 47.698 4.380 -3.000 -2.929 H19 6G6 59 6G6 H21 H21 H 0 1 N N N -42.821 -33.455 46.129 9.239 -1.160 3.057 H21 6G6 60 6G6 H22 H22 H 0 1 N N N -44.032 -32.574 45.480 10.138 -2.429 2.420 H22 6G6 61 # # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal 6G6 O14 C4 SING N N 1 6G6 C4 C5 SING N N 2 6G6 C4 C3 SING N N 3 6G6 O15 C5 SING N N 4 6G6 O15 C6 SING N N 5 6G6 O7 P3 DOUB N N 6 6G6 C5 C7 SING N N 7 6G6 O5 P2 DOUB N N 8 6G6 N4 C12 SING N N 9 6G6 CL2 C1 SING N N 10 6G6 N5 C12 SING Y N 11 6G6 N5 C13 DOUB Y N 12 6G6 C12 N3 DOUB Y N 13 6G6 O16 C13 SING N N 14 6G6 O9 P3 SING N N 15 6G6 O9 P4 SING N N 16 6G6 C13 C10 SING Y N 17 6G6 N3 C11 SING Y N 18 6G6 O10 P4 DOUB N N 19 6G6 C10 C11 DOUB Y N 20 6G6 C10 N2 SING Y N 21 6G6 C11 N1 SING Y N 22 6G6 C3 C2 SING N N 23 6G6 C3 O13 SING N N 24 6G6 P3 C1 SING N N 25 6G6 P3 O8 SING N N 26 6G6 N2 C9 SING N N 27 6G6 N2 C8 DOUB Y N 28 6G6 O12 C2 SING N N 29 6G6 O12 P4 SING N N 30 6G6 N1 C8 SING Y N 31 6G6 N1 C7 SING N N 32 6G6 C7 O13 SING N N 33 6G6 P4 O11 SING N N 34 6G6 P2 C1 SING N N 35 6G6 P2 O4 SING N N 36 6G6 P2 O6 SING N N 37 6G6 C1 CL1 SING N N 38 6G6 O4 P1 SING N N 39 6G6 P1 O3 DOUB N N 40 6G6 P1 O1 SING N N 41 6G6 P1 O2 SING N N 42 6G6 O1 H1 SING N N 43 6G6 O2 H2 SING N N 44 6G6 O6 H3 SING N N 45 6G6 O8 H4 SING N N 46 6G6 O11 H5 SING N N 47 6G6 C2 H6 SING N N 48 6G6 C2 H7 SING N N 49 6G6 C3 H8 SING N N 50 6G6 C4 H9 SING N N 51 6G6 O14 H10 SING N N 52 6G6 C5 H11 SING N N 53 6G6 C6 H12 SING N N 54 6G6 C6 H13 SING N N 55 6G6 C6 H14 SING N N 56 6G6 C7 H15 SING N N 57 6G6 C8 H16 SING N N 58 6G6 C9 H17 SING N N 59 6G6 C9 H18 SING N N 60 6G6 C9 H19 SING N N 61 6G6 N4 H21 SING N N 62 6G6 N4 H22 SING N N 63 # # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 6G6 SMILES ACDLabs 12.01 "OP(=O)(O)OP(C(Cl)(Cl)P(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1OC(C(C1O)OC)n2c[n+](C)c3c2nc(N)nc3[O-])(O)=O" 6G6 InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C13H21Cl2N5O16P4/c1-19-4-20(9-6(19)10(22)18-12(16)17-9)11-8(32-2)7(21)5(34-11)3-33-40(30,31)36-38(25,26)13(14,15)37(23,24)35-39(27,28)29/h4-5,7-8,11,21H,3H2,1-2H3,(H7-,16,17,18,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31)/t5-,7-,8-,11-/m1/s1" 6G6 InChIKey InChI 1.03 ULCNCADMRQHHSX-IOSLPCCCSA-N 6G6 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)C(Cl)(Cl)[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O[C@H]1n2c[n+](C)c3c([O-])nc(N)nc23" 6G6 SMILES CACTVS 3.385 "CO[CH]1[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)C(Cl)(Cl)[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O[CH]1n2c[n+](C)c3c([O-])nc(N)nc23" 6G6 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.4 "C[n+]1cn(c2c1c(nc(n2)N)[O-])[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(C(P(=O)(O)OP(=O)(O)O)(Cl)Cl)O)O)OC" 6G6 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.4 "C[n+]1cn(c2c1c(nc(n2)N)[O-])C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(C(P(=O)(O)OP(=O)(O)O)(Cl)Cl)O)O)OC" # # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier 6G6 "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "2-amino-9-{5-O-[(R)-{[(S)-{dichloro[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2-O-methyl-beta-D-ribofuranosyl}-7-methyl-9H-purin-7-ium-6-olate" 6G6 "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.4 "2-azanyl-9-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-[[[[bis(chloranyl)-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]methyl]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]-7-methyl-purin-7-ium-6-olate" # # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site 6G6 "Create component" 2016-04-05 EBI 6G6 "Modify formula" 2016-04-05 EBI 6G6 "Other modification" 2016-04-06 EBI 6G6 "Initial release" 2017-05-10 RCSB 6G6 "Other modification" 2019-09-04 EBI ##