data_6G0 # _chem_comp.id 6G0 _chem_comp.name "5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]-7-methylguanosine" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C11 H20 N5 O17 P4" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 1 _chem_comp.pdbx_initial_date 2016-04-04 _chem_comp.pdbx_modified_date 2017-05-05 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 618.195 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code 6G0 _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 5J5O _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site EBI # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal 6G0 C1 C2 C 0 1 N N N -74.493 73.024 -20.965 8.026 2.116 -0.809 C1 6G0 1 6G0 C2 C8 C 0 1 Y N N -73.091 68.837 -20.331 4.692 0.157 1.390 C2 6G0 2 6G0 N1 N1 N 0 1 N N N -73.154 73.255 -20.991 8.464 2.390 0.452 N1 6G0 3 6G0 N2 N2 N 0 1 N N N -75.369 74.047 -21.124 8.771 2.541 -1.881 N2 6G0 4 6G0 N3 N3 N 0 1 N N N -74.985 71.774 -20.791 6.913 1.452 -1.029 N3 6G0 5 6G0 C3 C4 C 0 1 Y N N -74.126 70.747 -20.638 6.157 1.014 -0.016 C3 6G0 6 6G0 C4 C5 C 0 1 Y N N -72.768 70.967 -20.646 6.554 1.263 1.303 C4 6G0 7 6G0 C5 C6 C 0 1 N N N -72.264 72.252 -20.830 7.754 1.979 1.525 C5 6G0 8 6G0 O1 O5P O 0 1 N N N -73.497 59.698 -25.457 -8.561 2.569 -0.152 O1 6G0 9 6G0 P1 PA P 0 1 N N N -74.038 59.192 -24.024 -7.406 2.491 -1.074 P1 6G0 10 6G0 O2 OA1 O 0 1 N N N -72.901 58.601 -23.233 -7.820 1.649 -2.383 O2 6G0 11 6G0 O3 OA2 O 0 1 N N N -75.110 58.150 -24.238 -6.964 3.977 -1.509 O3 6G0 12 6G0 O4 OAB O 0 1 N N N -74.715 60.420 -23.219 -6.176 1.761 -0.334 O4 6G0 13 6G0 P2 PB P 0 1 N N N -73.901 61.762 -22.844 -6.045 0.444 0.583 P2 6G0 14 6G0 O5 OB2 O 0 1 N N N -74.467 62.932 -23.610 -6.813 -0.663 -0.031 O5 6G0 15 6G0 O6 OB1 O 0 1 N N N -72.428 61.577 -23.169 -6.629 0.752 2.052 O6 6G0 16 6G0 O7 OBC O 0 1 N N N -74.191 62.022 -21.279 -4.496 0.022 0.699 O7 6G0 17 6G0 P3 PC P 0 1 N N N -73.070 62.136 -20.152 -3.734 -1.342 1.087 P3 6G0 18 6G0 O8 OC2 O 0 1 N N N -73.777 62.346 -18.833 -3.822 -1.572 2.678 O8 6G0 19 6G0 O9 OC1 O 0 1 N N N -72.233 60.895 -20.040 -4.373 -2.480 0.388 O9 6G0 20 6G0 O10 OCD O 0 1 N N N -72.114 63.364 -20.538 -2.190 -1.239 0.644 O10 6G0 21 6G0 P4 PD P 0 1 N N N -72.362 64.882 -20.071 -1.031 -2.322 0.366 P4 6G0 22 6G0 O11 OD1 O 0 1 N N N -71.127 65.633 -20.545 -1.576 -3.427 -0.454 O11 6G0 23 6G0 O12 OD2 O 0 1 N N N -72.577 64.951 -18.584 -0.496 -2.907 1.767 O12 6G0 24 6G0 O13 O5* O 0 1 N N N -73.655 65.540 -20.789 0.184 -1.618 -0.421 O13 6G0 25 6G0 C6 C5* C 0 1 N N N -74.983 65.275 -20.360 1.319 -2.339 -0.905 C6 6G0 26 6G0 C7 C4* C 0 1 N N R -75.863 66.505 -20.597 2.279 -1.371 -1.601 C7 6G0 27 6G0 O14 O4* O 0 1 N N N -75.499 67.547 -19.701 2.833 -0.457 -0.640 O14 6G0 28 6G0 C8 C3* C 0 1 N N S -75.678 67.128 -21.963 3.454 -2.153 -2.220 C8 6G0 29 6G0 O15 O3* O 0 1 N N N -76.481 66.468 -22.939 3.497 -1.954 -3.634 O15 6G0 30 6G0 C9 C2* C 0 1 N N R -76.172 68.529 -21.750 4.709 -1.546 -1.548 C9 6G0 31 6G0 O16 O2* O 0 1 N N N -77.604 68.497 -21.719 5.766 -1.382 -2.496 O16 6G0 32 6G0 C10 C1* C 0 1 N N R -75.657 68.808 -20.350 4.184 -0.171 -1.061 C10 6G0 33 6G0 N4 N9 N 0 1 Y N N -74.311 69.435 -20.439 4.983 0.316 0.066 N4 6G0 34 6G0 N5 N7 N 1 1 Y N N -72.131 69.788 -20.460 5.617 0.715 2.115 N5 6G0 35 6G0 C11 CM7 C 0 1 N N N -70.664 69.544 -20.420 5.643 0.746 3.579 C11 6G0 36 6G0 O17 O6 O 0 1 N N N -70.962 72.528 -20.861 8.138 2.218 2.658 O17 6G0 37 6G0 H1 H1 H 0 1 N N N -72.917 67.783 -20.170 3.824 -0.354 1.778 H1 6G0 38 6G0 H2 H2 H 0 1 N N N -72.821 74.187 -21.132 9.290 2.883 0.580 H2 6G0 39 6G0 H3 H3 H 0 1 N N N -76.353 73.869 -21.111 8.474 2.350 -2.784 H3 6G0 40 6G0 H4 H4 H 0 1 N N N -75.031 74.979 -21.254 9.595 3.032 -1.734 H4 6G0 41 6G0 H5 H5 H 0 1 N N N -72.101 58.649 -23.743 -7.110 1.557 -3.032 H5 6G0 42 6G0 H6 H6 H 0 1 N N N -75.238 58.014 -25.169 -7.657 4.476 -1.962 H6 6G0 43 6G0 H7 H7 H 0 1 N N N -72.155 62.239 -23.794 -6.172 1.468 2.514 H7 6G0 44 6G0 H8 H8 H 0 1 N N N -73.537 61.652 -18.230 -3.422 -0.863 3.200 H8 6G0 45 6G0 H9 H9 H 0 1 N N N -71.885 65.466 -18.187 -0.125 -2.237 2.357 H9 6G0 46 6G0 H10 H10 H 0 1 N N N -75.386 64.423 -20.927 1.829 -2.817 -0.069 H10 6G0 47 6G0 H11 H11 H 0 1 N N N -74.978 65.032 -19.287 0.992 -3.099 -1.614 H11 6G0 48 6G0 H12 H12 H 0 1 N N N -76.918 66.226 -20.462 1.749 -0.818 -2.377 H12 6G0 49 6G0 H13 H13 H 0 1 N N N -74.614 67.130 -22.244 3.371 -3.215 -1.985 H13 6G0 50 6G0 H14 H14 H 0 1 N N N -76.161 65.583 -23.067 4.251 -2.376 -4.068 H14 6G0 51 6G0 H15 H15 H 0 1 N N N -75.765 69.234 -22.490 5.035 -2.159 -0.707 H15 6G0 52 6G0 H16 H16 H 0 1 N N N -77.938 69.376 -21.585 6.067 -2.209 -2.896 H16 6G0 53 6G0 H17 H17 H 0 1 N N N -76.357 69.460 -19.807 4.188 0.552 -1.876 H17 6G0 54 6G0 H18 H18 H 0 1 N N N -70.474 68.474 -20.252 5.124 1.637 3.933 H18 6G0 55 6G0 H19 H19 H 0 1 N N N -70.215 69.850 -21.377 5.147 -0.142 3.970 H19 6G0 56 6G0 H20 H20 H 0 1 N N N -70.217 70.129 -19.602 6.677 0.767 3.924 H20 6G0 57 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal 6G0 O1 P1 DOUB N N 1 6G0 O3 P1 SING N N 2 6G0 P1 O2 SING N N 3 6G0 P1 O4 SING N N 4 6G0 O5 P2 DOUB N N 5 6G0 O4 P2 SING N N 6 6G0 O6 P2 SING N N 7 6G0 O15 C8 SING N N 8 6G0 P2 O7 SING N N 9 6G0 C8 C9 SING N N 10 6G0 C8 C7 SING N N 11 6G0 C9 O16 SING N N 12 6G0 C9 C10 SING N N 13 6G0 O7 P3 SING N N 14 6G0 N2 C1 SING N N 15 6G0 N1 C1 SING N N 16 6G0 N1 C5 SING N N 17 6G0 C1 N3 DOUB N N 18 6G0 O17 C5 DOUB N N 19 6G0 C5 C4 SING N N 20 6G0 N3 C3 SING N N 21 6G0 O13 C6 SING N N 22 6G0 O13 P4 SING N N 23 6G0 C4 C3 DOUB Y N 24 6G0 C4 N5 SING Y N 25 6G0 C3 N4 SING Y N 26 6G0 C7 C6 SING N N 27 6G0 C7 O14 SING N N 28 6G0 O11 P4 DOUB N N 29 6G0 O10 P3 SING N N 30 6G0 O10 P4 SING N N 31 6G0 N5 C11 SING N N 32 6G0 N5 C2 DOUB Y N 33 6G0 N4 C10 SING N N 34 6G0 N4 C2 SING Y N 35 6G0 C10 O14 SING N N 36 6G0 P3 O9 DOUB N N 37 6G0 P3 O8 SING N N 38 6G0 P4 O12 SING N N 39 6G0 C2 H1 SING N N 40 6G0 N1 H2 SING N N 41 6G0 N2 H3 SING N N 42 6G0 N2 H4 SING N N 43 6G0 O2 H5 SING N N 44 6G0 O3 H6 SING N N 45 6G0 O6 H7 SING N N 46 6G0 O8 H8 SING N N 47 6G0 O12 H9 SING N N 48 6G0 C6 H10 SING N N 49 6G0 C6 H11 SING N N 50 6G0 C7 H12 SING N N 51 6G0 C8 H13 SING N N 52 6G0 O15 H14 SING N N 53 6G0 C9 H15 SING N N 54 6G0 O16 H16 SING N N 55 6G0 C10 H17 SING N N 56 6G0 C11 H18 SING N N 57 6G0 C11 H19 SING N N 58 6G0 C11 H20 SING N N 59 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 6G0 SMILES ACDLabs 12.01 "C2(=Nc1n(c[n+](c1C(N2)=O)C)C3OC(COP(OP(OP(OP(=O)(O)O)(=O)O)(=O)O)(O)=O)C(C3O)O)N" 6G0 InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C11H19N5O17P4/c1-15-3-16(8-5(15)9(19)14-11(12)13-8)10-7(18)6(17)4(30-10)2-29-35(23,24)32-37(27,28)33-36(25,26)31-34(20,21)22/h3-4,6-7,10,17-18H,2H2,1H3,(H7-,12,13,14,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28)/p+1/t4-,6-,7-,10-/m1/s1" 6G0 InChIKey InChI 1.03 ICYVMAXYRWTAKS-KQYNXXCUSA-O 6G0 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "C[n+]1cn([C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]2O)c3N=C(N)NC(=O)c13" 6G0 SMILES CACTVS 3.385 "C[n+]1cn([CH]2O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]2O)c3N=C(N)NC(=O)c13" 6G0 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.4 "C[n+]1cn(c2c1C(=O)NC(=N2)N)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O" 6G0 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.4 "C[n+]1cn(c2c1C(=O)NC(=N2)N)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier 6G0 "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]-7-methylguanosine" 6G0 "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.4 "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl] hydrogen phosphate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site 6G0 "Create component" 2016-04-04 EBI 6G0 "Initial release" 2017-05-10 RCSB #